PCR實驗室可分為試劑準備區、標本制備區、擴增區和產物檢測區四個區域，這四個區域在物理空間上必須*相互獨立，各區域無論是在空間上還是在使用中，應當始終處于*的分隔狀態，不能有空氣的直接相通。
所以，臨床基因擴增檢驗實驗室的空氣流向應按：試劑準備區→標本制備區→擴增區→產物檢測區，應時刻防止擴增產物順空氣氣流進入擴增前區域。可按照上述順序區域空氣壓力遞減的方式進行，也可通過安裝排風扇、負壓排風裝置或其他可行方式實現。
臨床基因擴增檢驗實驗室的環境清潔：《臨床基因擴增實驗室工作規范》中有對物表清潔、消毒的要求，不同的實驗區域應當有其各自的清潔用具以防止交叉污染。
基本原則：由清潔區向污染區進行，潔具不可交叉。
清潔消毒方向：準備區→標本制備區→擴增區→產物檢測區
清潔消毒范圍：工作區域的物體表面(含桌、椅)，可使用含氯消毒劑擦拭消毒，空氣和工作臺面可使用紫外線照射消毒，也可使用空間消毒器進行全環節消毒。
不可使用紫外線消毒器及化學消毒進行有人狀態下的消毒。
PCR室內的消毒應防止揚塵（減少人員走動）、殺滅DNA或RNA的基因片段。可選擇懸掛紫外線燈管進行空氣消毒，試驗前照射30-60分鐘，實驗結束照射30-60分鐘，必要時延長照射時間（可照射一夜）。
終末消毒：當出現實驗室污染時，應按要求立即撤出相關人員，在無人情況下可使用化學消毒劑進行終末消毒，如熏蒸法：過氧乙酸1g/m⊃3;加熱熏蒸（濕度70-90%），密閉24小時；氣溶膠噴霧：3%*：20mL/m⊃3;氣溶膠噴霧；5%過氧乙酸2.5mL/m⊃3;氣溶膠噴霧（濕度20-40%）。
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